Olyckan inträffade före klockan 9 vid Orbaden i Bollnäs kommun.
– En skoter har hamnat under tåget, men ingen person verkar ha suttit på skotern när olyckan inträffade, säger Magnus Jansson Klarin.
Skoterföraren var ute för att göra skidspår när skotern av okänd anledning började köra i väg och hamnade på spåret. Föraren misstänks nu för allmänfarlig vårdslöshet, enligt polisen.
Det var till en början helt stopp i tågtrafiken mellan Järvsö och Vallsta. Vid lunchtid rullade tågen igen, men vissa avgångar har ersatts av buss, enligt Trafikverket.
Tåget tillhör X-trafik och passagerarna evakuerades.
– Man måste också säkerställa att det inte är några skador på tåget, säger Magnus Jonsson vid räddningstjänsten till SVT Nyheter Gävleborg.
Föraren hann se skotern och hade börjat bromsa in, uppger räddningstjänsten för SVT.
Tre SJ-avgångar påverkas av stoppet, bland annat ett dagtåg som går mellan Stockholm och Duved. Bussar ersätter på sträckan, enligt företagets presstjänst.