Göbekli Tepestä on kaivettu esiin vasta pieni osa, ehkä vain viisi prosenttia, ja siksi se on salaliittoteoreetikoille hedelmällinen kohde. Sosiaalisessa mediassa leviää väitteitä, joiden mukaan merkittävät tahot yrittäisivät tukahduttaa tutkimuksia ja peitellä siten ihmiskunnan menneisyyttä.
